Page 25 - Наукові записки Державного природознавчого музею, 2023 Вип. 39

Окреслення цілей і формату проєкту «Оцифрування природничих колекцій … 23

Оцифрування гербарію судинних рослин здійснюватиметься за допомогою
цифрової фотосистеми, побудованої на основі фотоапарату Canon EOS 800D, із
вдосконаленням протоколу, який використовувався раніше (Novikov, Sup-Novikova,
2021). Зокрема, планується відпрацювати використання портативних студійних
освітлювачів Yongnuo YN-300 Air та Yongnuo YN-600 Air. Також буде апробовано
технологію сканування гербарних зразків. При необхідності, у протокол будуть
внесені корективи відповідно до потреби оцифрування великої кількості зразків, а
також з можливістю залучення різних варіантів фотосистеми.
Оцифрування гербарію несудинних рослин здійснюватиметься шляхом
фотографування етикеток та самих зразків з використанням фотосистеми, яку буде
розроблено на базі фотоапарату Canon EOS 650D і студійного кільцевого освітлювача
Yongnuo YN-308 та студійних освітлювачів Yongnuo YN-600 Air. Внесення інформації
про зразки здійснюватиметься на основі протоколів, що використовуються для баз
даних в Державному природознавчому музеї НАН України з їхньою наступною
адаптацією відповідно до стандартів DarwinCore (https://dwc.tdwg.org/) і GBIF
(https://www.gbif.org/publishing-data).
Для отримання цифрових зображень комах і мікропрепаратів ґрунтових
безхребетних (нематоди, кліщі), буде використано фотоапарат Canon EOS 650D з
об’єктивом Canon EF 100mm f/2.8L Macro IS USM. Для фіксації фотоапарата при
фотографуванні використовуватиметься штатив Cadiso Q999H. З метою освітлення
зразків використовуватимуться два типи освітлювачів: кільцевий LED освітлювач зі
штативом і лайткуб для предметної зйомки Puluz PU5040.
Оцифрування зразків комах, розмір яких перевищує 10 см, відбуватиметься з
допомогою фотоапарату Canon EOS 650D з об'єктивом Canon EF 18–55mm та з
освітленням люмінесцентною (флуоресцентною) лампою. Застосування такого типу
ламп з «трилінійним» і «п’ятилінійним» люмінофором, дозволяє домогтися більш
рівномірного розподілу випромінювання у видимому спектрі світла, що призводить до
більш натурального відтворення кольору. Для кожної одиниці зберігання будуть
зроблені фотографії її загального вигляду та оригінальної етикетки, яка містить
інформацією про місце і дату збору, біотоп, колектора та назву виду. Ці дані будуть
оцифровуватися у відповідності до розроблених протоколів.
Дані з етикеток оцифрованих зразків (з урахуванням стандарту DarwinCore) будуть
внесені в базу «Біорізноманіття України» та опубліковані у GBIF у вигляді
консолідованого датасету класу «Occurence Dataset» (https://www.gbif.org/dataset-classes).
Для баркодингу зразків судинних рослин буде підібрано і використано оптимальну
комбінацію ядерних (ITS) і хлоропластних (trnL–ndhF та/або rpoB, accD) маркерів
(Mallot et al., 2018; Aghayeva et al., 2021). Для баркодингу зразків нематод, як модельної
групи, буде підібрано і використано оптимальну комбінацію рибосомальних (D2-D3
28S, 18S, ITS) і мітохондріальних (coxI) маркерів з числа тих, що зараз активно
використовуються у філогенії (Qing, Bert, 2019; Gutiérrez-Gutiérrez et al., 2020; Singh et
al., 2021). Отриману інформацію про нуклеотидні послідовності планується
депонувати в базі GenBank.

Команда проєкту

Ядро дослідницької групи проєкту складається з восьми учасників – шести
досвідчених та двох молодих вчених. Ці учасники мають багаторічний досвід науково-